馬公國中音樂班成立於民國83年，秉持藝術專才培養之理念，認真辦學，在術科教授和學生品格養成不遺餘力。音樂班的課程，除了主副修器樂個別課，另外還安排了專業科目：音樂理論包含樂理、音樂欣賞、和聲學、曲式學、視唱聽寫等。團體課程亦有管弦樂團合奏課，以及個別課主副修。每年都有固定的展演活動，各年級除了班級音樂會、年度成果發表會之外，也會有室內樂小組展演。除了校內的活動之外，音樂班也時常與音樂大師或團隊聯演，舉辦跨校合作、關懷社會公益演出等服務。硬體設備包含小型演奏廳、合奏教室、專科教室、琴房，讓孩子能安心在舒適的環境中學習。自創班起管弦樂團在全縣音樂比賽與全國音樂比賽中皆獲好的成績，因此本校音樂班管弦樂團在本縣能獲得各界肯定與支持。一直以來，音樂班對本縣活動都積極的參與，近年來，更不斷致力於讓樂團有機會與本島優秀團隊聯合交流，先後在2015年曾與台北3E青年愛樂交響樂團舉辦了音樂營與聯合音樂會、2017年與鋼琴王子陳冠宇教授合作鋼琴協奏曲、在2019年更與灣聲樂團舉辦「澎湖行腳」時有多場聯合演出。自108年開始，音樂班管弦樂團與文光國中舞蹈班舉行了藝術才能班聯合展演，在本縣藝術教育史上實為創舉，藉由不同展演型態，增加學生的舞台經驗。此外，自111學年度起連續兩年開始跨海到台灣本島舉行教學交流參訪，先後與屏東大學音樂系共同舉行「屏音澎頌」音樂會，以及與宜蘭縣國華國中音樂班進行一場豐富的音樂知性之旅交流活動，藉以拓展視野與增加經驗。