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茲卡病毒感染症目前無疫苗可預防，因此避免病媒蚊叮咬是最主要的預防方法。於戶外活動時，建議穿著長袖淺色衣褲，或使用經衛生福利部核可、含有DEET的防蚊液，並依照標示說明正確使用。前往流行地區活動，應選擇裝有紗窗或空調設備的居住場所。

此外，建議懷孕婦女如無必要應暫緩前往流行地區，如必須前往請做好防蚊措施，如穿著淺色長袖衣褲、皮膚裸露處塗抹衛福部核可的防蚊藥劑等，返國後自主健康監側，如有任何疑似症狀，應儘速就醫，並告知醫師旅遊史。

由於病媒蚊對於叮咬對象並無選擇性，一旦有茲卡病毒進入社區，且生活周圍有病媒蚊孳生源的環境，就有茲卡病毒流行的可能性，所以民眾平時應做好家戶內外孳生源的清除工作，以及使用紗窗紗門隔絕蚊蟲。